Zoom sur le phénotypage microbien

Le robot OmniLog est un incubateur automatisé, contenant une caméra. Il est capable d'effectuer un criblage colorimétrique à haut débit de plaques de 50*96 puits en parallèle, ce qui équivaut à 4800 expériences simultanées. En mesurant les plaques toutes les 15 minutes, il peut fournir des données cinétiques sur l'activité métabolique des microorganismes sur plusieurs jours. Combiné aux microplaques " Biolog " (puces à phénotypage), est un outil puissant pour l'identification des microorganismes et la caractérisation de leur activité métabolique dans diverses conditions environnementales : différentes sources de carbone et d'azote, résistance au stress (pH, osmolarité, température), résistance aux antibiotiques.

Opération

Le fonctionnement de la plateforme consiste en des mesures cinétiques de plaques de microtitrage à 96 puits pour tous les types de microorganismes avec le robot Omnilog. Exemples d'analyses possibles :

• Identification des microorganismes
• Caractérisation métabolique des microorganismes
• Sensibilité des micro-organismes aux antibiotiques
• Identification de la fonction des gènes (mutants knock-out vs type sauvage ; comparaison de différentes souches)
• Optimisation des bio-procédures...

Détails sur le fonctionnement de la plate-forme

• Une température d'incubation unique est fixée par semaine, la durée maximale d'une expérience étant de 6 jours.
• La plage de température est comprise entre 20 et 45 °C.
• Premier jour des analyses : mardi après-midi : arrivée des plaques inoculées avant 16h00.
• Destruction des plaques de microtitrage : responsabilité de l'utilisateur à la fin de l'expérience.
• Données : à récupérer sur le PC sur une clé USB

Plaques Biolog :

L'expertise sur l'utilisation des plaques Biolog ne fait pas partie des compétences de la plateforme. La plateforme fournit uniquement les moyens de mesure. Notez que le protocole d'utilisation de cette technologie peut varier en fonction du micro-organisme. Il est recommandé de solliciter les experts de Biolog (représenté par Awel en France).

Des clients de TPMP-Omnilog ont mené des expériences avec :

• Ralstonia solanacearum, bactérie bêta-protéo, agent pathogène des plantes
• Shinorhizobium melilotii, bactérie alpha-protéo, symbiote végétale
• Cupriavidus taiwanensis, bactérie bêta-protéo, symbiote végétale
• Streptomyces spp., Actinobactéries
• Sclerotinia sclerotiorum, ascomycète, agent pathogène des plantes
• Pseudomonas aeruginosa, bactérie gamma-protéo, opportuniste et pathogène pour l'homme
• Oomycètes